Базилика Сан-Франческо была построена в XIII в., но сильно пострадала в пожаре 1655 г., после чего была почти полностью перестроена, значительно увеличившись в размерах. В XVIII в. к церкви была пристроена колокольня, а фасад в его нынешнем виде появился в результате реставрации 1894?1913 гг.
Несмотря на многочисленные вмешательства, базилика Сан-Франческо сохранила величественный дух старины – а также массу интереснейших деталей, которые стоит рассмотреть повнимательнее. Это и фрески XIII-XVI вв., включая три знаменитые работы братьев Пьетро и Амброджо Лоренцетти, и мраморные гробницы, и деревянное распятие XIII в., и великолепные витражи со сценами из жизни святого Франциска (XIX в.).
В сокровищнице базилики хранится библиотечное собрание юрфака Сиенского университета, а позади базилики есть уютный внутренний двор-клуатр с арочной галереей, за которым начинаются университетские владения.